馬屎洲位於 吐露海峽西南岸，荔枝莊在南岸。 吐露海峽北岸和黃竹角咀的大部分岩石是香港最古老的，形成於約4億年前的泥盆紀時期。 馬屎洲介紹了大約2.8億年前形成的沉積岩。 這些岩石是該岩石區域中第二古老的岩石； 荔枝莊展示了大約1.46億年前形成的各種火山岩和沈積岩。 這兩個地理位置還顯示出獨特的地質特徵，例如斷層和褶皺。 儘管馬屎洲和荔枝莊的地質情況有些複雜，但它們是地質學家的理想研究地點。
馬屎洲面積共61公頃，範圍涵蓋吐露港內的馬屎洲、洋洲、丫洲及三門仔新村東北面的一個未命名島嶼。馬屎洲是香港二疊紀「大埔海組」的要址，島上岩石露頭出露良好，加上存在斷層和褶皺構造，岩層亦發生變形或錯斷，形態複雜，因此最適合研究地層、岩性、沉積特徵和各類地質構造。此外，鹽田仔旁的無名小島茂林密布，吸引了大群白鷺棲息，除了地質景觀外亦深具生態保護價值，政府遂於1999年將該局劃為特別地區。
三門仔村內設有大埔地質教育中心，不可錯過參觀。
在香港出露的二疊紀(2億9000萬至2億5000萬年前)地層非常稀少，分布也十分零散，當中「大埔海組」最具代表性。這組岩石位於吐露港及鄰近地區，可見於馬屎洲及丫洲。馬屎洲展示該岩組的典型地層，露頭出露良好，主要為一組因褶皺構造運動而變形的泥岩、粉砂岩和砂岩。馬屎洲以南的丫洲同樣由這樣的岩石組成。砂岩中可見波痕和脈狀層理，粉砂岩中則常見生物攪動構造。
馬屎洲的二疊紀沉積地層不但出露面積廣大，而且呈現斷層和褶皺構造，以及岩層變形或錯斷特徵，誠然是考察的理想地點。島西北陲有部分早侏羅世「赤門海峽組」的暗色粉砂岩、泥岩出露，此外還有晚侏羅世的沉積角礫岩、凝灰岩和層凝灰岩。
